コメント欄に書きましたことを補足したいと思います。

http://q.hatena.ne.jp/1241762118#c149167
http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S40/S40SE097.html

（売買目的有価証券の範囲）
第百十九条の十二 　法第六十一条の三第一項第一号 （売買目的有価証券の時価法により評価した金額）に規定する政令で定めるものは、次に掲げる有価証券（第百十九条の二第二項第二号（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）に掲げる株式及び出資に該当するものを除く。）とする。
一 　内国法人が取得した有価証券（次号から第四号までに掲げる有価証券に該当するものを除く。）のうち、短期的な価格の変動を利用して利益を得る目的（以下この号及び次号において「短期売買目的」という。）で行う取引に専ら従事する者が短期売買目的でその取得の取引を行つたもの（以下この号において「専担者売買有価証券」という。）及びその取得の日において短期売買目的で取得したものである旨を財務省令で定めるところにより帳簿書類に記載したもの（専担者売買有価証券を除く。）

二つに区分されています。

短期的な価格の変動を利用して利益を得る目的（以下この号及び次号において「短期売買目的」という。）で行う取引に専ら従事する者が短期売買目的でその取得の取引を行つたもの（以下この号において「専担者売買有価証券」という。）

http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/hojin/02/02_03_05.htm
通達で「専担者売買有価証券」が規定されています。機関投資家による有価証券の売買を想定していますから、中小企業では全く対象外です。

（専担者売買有価証券の意義）

2−3−26　令第119条の12第1号《売買目的有価証券の範囲》に規定する専担者売買有価証券とは、いわゆるトレーディング目的で取得した有価証券をいうのであるから、基本的には、法人が、特定の取引勘定を設けて当該有価証券の売買を行い、かつ、トレーディング業務を日常的に遂行し得る人材から構成された独立の専門部署（関係会社を含む。）により運用がされている場合の当該有価証券がこれに当たることに留意する。（平12年課法2−7「四」により追加）

もう一つは、短期売買目的で取得したものである旨を帳簿書類に記載したものとされています。

その取得の日において短期売買目的で取得したものである旨を財務省令で定めるところにより帳簿書類に記載したもの（専担者売買有価証券を除く。）

http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S40/S40F03401000012.html

（売買目的有価証券に該当する旨の記載の方法）
第二十七条の五 　令第百十九条の十二第一号（売買目的有価証券の範囲）の記載は、有価証券の取得に関する帳簿書類において、同号に規定する短期売買目的で取得した有価証券の勘定科目をその目的以外の目的で取得した有価証券の勘定科目と区分することにより行うものとする。　

http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/hojin/02/02_03_05.htm
売買目的有価証券に係る勘定科目により区分している場合の有価証券をいうとされています。したがって、区分をしていない場合は、短期売買有価証券に該当しませんから時価評価をする必要がありません。

（短期売買目的で取得したものである旨を表示したものの意義）
2−3−27　令第119条の12第1号《売買目的有価証券の範囲》に規定する「短期売買目的で取得したものである旨……を帳簿書類に記載したもの（専担者売買有価証券を除く。）」（以下2−3−27において「短期売買有価証券」という。）とは、法人が、規則第27条の5第1項《短期売買有価証券に該当する旨の記載の方法》の規定に基づき、当該有価証券の取得の日に当該有価証券を売買目的有価証券（法第61条の3第1項第1号《売買目的有価証券の期末評価額》に規定する売買目的有価証券をいう。以下2−3−34までにおいて同じ。）に係る勘定科目により区分している場合の当該有価証券をいうことに留意する。（平12年課法2−7「四」により追加）

(注)　短期的に売買し、又は大量に売買を行っていると認められる場合の有価証券であっても、規則第27条の5第1項の規定に基づき区分していないものは、短期売買有価証券に該当しない。