法令による規定

http://q.hatena.ne.jp/1179410400
国税通則法及び国税通則法施行令に規定されています。
http://www.houko.com/00/01/S37/066.HTM

（国税の課税標準の端数計算等）
第118条　国税（印紙税及び附帯税を除く。以下この条において同じ。）の課税標準（その税率の適用上課税標準から控除する金額があるときは、これを控除した金額。以下この条において同じ。）を計算する場合において、その額に千円未満の端数があるとき、又はその全額が千円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
２　政令で定める国税の課税標準については、前項の規定にかかわらず、その課税標準に１円未満の端数があるとき、又はその全額が１円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。

http://www.houko.com/00/02/S37/135.HTM

（課税標準等の端数計算の特例）
第40条　法第118条第２項（課税標準の端数計算の特例）に規定する政令で定める国税は、所得税法第４編第１章から第５章まで（源泉徴収）（同法第190条（年末調整に係る源泉徴収義務）及び第199条（退職所得に係る源泉徴収義務）（同法第201条第１項（退職所得の受給に関する申告書が提出された場合の徴収税額）の規定の適用を受ける場合に限る。）を除く。）の規定により徴収する所得税とする。